La società nasce nel 1999 con il nome di Unione Sportiva Delta 2000 dalla fusione tra tre società dilettantistiche del comune rodigino: la Società Sportiva Carpano Cà Venier, l’Associazione Calcio Porto Tollese (entrambe fondate nel 1966) e la Società Sportiva Polesine Camerini fondata nel 1971.
Il suo lungo cammino, colmato con la promozione in Seconda Divisione nel 2013, è iniziato dalla stagione di Prima Categoria Veneta 1999-2000, proseguendo fino al 2007 allorquando il Delta 2000 venne promosso nel campionato di Promozione.
Nel 2011 con la promozione in Serie D il Delta 2000 ha cambiato denominazione in Unione Sportiva Dilettantistica Calcio Delta Porto Tolle ove due anni dopo, nella stagione di Serie D 2012-2013, dopo aver vinto il girone C di Serie D il club ottenne diritto a partecipare al campionato di Seconda Divisione, il primo a carattere professionistico nella storia della società.
Nell’estate 2014, classificatosi al 10º posto, retrocesso dalla Lega Pro C2 in Serie D a causa della riforma dei campionati, e a seguito delle problematiche sorte con il Consiglio Comunale di Porto Tolle riguardanti il campo da gioco, la società si trasferisce a Rovigo cambiando denominazione in Associazione Calcistica Delta Porto Tolle Rovigo.Successivamente, nell’estate del 2015 cambia nome in Associazione Calcistica Delta Calcio Rovigo.
